Die kulturgeschichtlichen Bestände dienten von Beginn an der Dokumentation der Stadtgeschichte, der Darstellung der Entwicklung der städtischen Wirtschaft und der Lebensumwelt der Bürger Rostocks. Die Sammlungen enthalten zahlreiche einzigartige Dokumente städtischen Lebens und städtischer Wirtschaft der vergangenen sechs Jahrhunderte.
Dazu zählen die überregional bedeutende Silber- und Zinnsammlung mit dem Besitz der Rostocker Handwerksämter und dem Rostocker Kunsthandwerk, die Keramiksammlung, eine Uhrensammlung, eine Instrumentensammlung sowie die Kollektionen zum Alltagsleben vom 17. bis zum 20. Jahrhundert. Die Bestände umfassen rund 35.000 Objekte. Die Numismatische Sammlung besitzt rund 25.000 Objekte und zählt zu den bedeutendsten in Norddeutschland. Die Möbelsammlung beherbergt rund 600, die Militärgeschichtliche Kollektion 900 Objekte, darunter mit den Rostocker Kanonen und der erhaltenen Ausrüstung des Rostocker Zeughauses einen herausragenden Bestand städtischer Verteidigung der vergangenen sechs Jahrhunderte. Die archäologisch orientierte Ur- und frühgeschichtliche Sammlung verfügt über ungefähr 25.000 Stücke.
